植物與創造的次序
「有晚上、有早晨，是第三日」。（創世記一：13）
1744年，林奈到瑞典北部波羅的海的海岸邊與海上的島嶼，如哥德蘭島（Gotland），觀察地層結構與生物化石。1746年，他到瑞典西南部的西約特蘭（Vastergotland）低地與瑞典南部的斯科訥（Skane）高地，觀察各地的地質，腳蹤幾乎遍布瑞典各地。而後，他提出地球深受「水」的作用力影響，而且地球的水曾有一度比現今多，才會在高山上留下有海洋生物的痕跡，而後這些水逐漸消退，這個論點稱為「水消退理論」（theory
of diminishing water）。
地球表面的水為何會逐漸消退呢？林奈認為是「植物」作用。這是一個很獨特的看法，早期的地質學家大多認為地球的變動會影響生物，但是林奈首先認為植物也會影響地球環境。例如，林奈提出植物的蒸散作用，能將地面的水蒸發到空氣，植物改變地面空氣的水比例分配，這些作用對於人類的生存非常重要。林奈寫道：「植物的功能，能將土壤含水量接近飽和的土地轉為旱地；沒有旱地，人類就無法居住。」
林奈認為，上帝創造天地的第三天，上帝使旱地露出、植物生長，是上帝用植物使水分重新分佈。到了上帝創造天地的第四天，空中的水蒸氣很多，大氣中有些變動，沈降了許多雨水，而後厚雲消散，在地上可以看到太陽、月亮與星辰。到了第五天，地球上有旱地又有淡水，上帝在這時創造動物。
1751年，林奈發表《植物哲學誌》（Philosophia
Botanica），提到植物的生長與分佈，受到環境的影響，因此環境是限制生物繁殖的因子，尤其是植物影響環境，環境也影響植物，互相維持著大自然的平衡。
1753年，林奈發表《植物種誌》（Species
Plantarum），這是林奈最著名的研究報告。他在這報告裡提出「雙命名法」（binomial
nomenclature），用拉丁文的屬名與種名，來命名植物，為普世所遵從。林奈寫道：「亞當能給各樣的生物取名字，證明生物界一定存在命名的原則，而且這個原則存在生物身體的特徵上，亞當一看就能叫出名字。生物學的基礎，是由準確地給生物命名開始。」
1754年，林奈將植物與其生長環境的關係，分為六種：「水域植物」、「山域植物」、「陰域植物」、「草域植物」、「岩域植物」、「寄生植物」。這些分類的名稱，現今依然在用。1755年，林奈提出生物存在著「自然節奏」（natural
rhythm），他佈置一個花園，按照不同的花開放的時間，成為大自然的月曆，表示生命的規律性。
同年，林奈將植物的分類延伸到動物學，提出：「若能將生物精確的分類，將為世人開一扇窗，認識上帝與其創造，清楚、有次序、有法則。」他提出聖經裡已有動物分類的邏輯，在聖經利未記十一章裡就用到「腳蹄有沒有分瓣」、「吃東西有沒有反芻」、「身體上的翅膀、鱗片」、「用掌行走，或是四足在地上爬行」的方式來分類。
林奈提出，凡是有固定形體存在的皆為「物」，他用「物」（substance）的概念來區分。有形體卻沒有生命的，他稱為「礦物」；有生命卻沒有感性的（feeling），他稱為「植物」；有感性卻沒有理性的，他稱為「動物」；有感性、有理性、有靈性（soul）─能夠思考永恆與敬拜上帝的，他稱為「人物」。
林奈根據這分類的邏輯，1758年依動物的形體結構區分為「哺乳類」、「鳥類」、「兩棲類」、「魚類」、「昆蟲類」與「蠕形動物類」，這成為日後生物學重要的分類，其中他首先使用哺乳類這一個名詞。1757年，林奈在《有趣的自然》（De
Curiositate Naturali）一書中寫到：「為何大自然中會有蛇、蜥蜴等長相難看或可怕的爬蟲呢？這是上帝創作的敗筆嗎？我愈觀察這些動物，愈認為這些生物有其存在的目的。當人評斷這些動物時，若能不以自己為中心，將會發現這些生物充滿了上帝創造的榮耀。」
林奈最後的研究，是將「人」放入自然分類的系統中。他在1749年至1760年仔細地研究，如何精確的區分「人類」。林奈寫道：「在所有的生物中，只有人能思考永恆，能對上帝感恩，能敬拜上帝，是上帝差祂獨生子耶穌所救贖的對象。」「如果生物的分類是一個階梯，人類將是最高的一階。」林奈首先建立「智人種」（Homo
sapiens），而後將人類歸於哺乳類靈長目人屬智人種內。
當時已經有許多化石呈現史前有類似人類的生物存在，這些生物有的住在森林稱為「森林人」，有的住在洞穴稱為「洞穴人」，或合稱為「山頂洞人」；有些體型矮小稱為「矮人族」。這些生物沒有尾巴、能走路，能使用簡易的工具、也有雕刻與繪畫，但是林奈不認為這些上古時代擬人的生物是人類。根據林奈的造物，真正的人類或智人種是「渴慕永恆」（eternal
attraction），不是生物的結構特徵所能區分出來，這是生命科學分類的極致，林奈寫道：「生物分類是簡化世界的邏輯，人類分類邏輯不等於真實的世界。」1759年，林奈將這些史前的生物稱為「擬人類」。近代許多生物學家常將人類的演化，以圖示呈現由猿人、山頂洞人到近代的智人種，卻很少定義什麼是「人種」，以為用牙齒、頭蓋骨結構的相似性就可以尋找到最初的人類，但是從這些東西真的能夠看出對「永恆的渴慕」嗎？近代生物學大量套用林奈的名詞，卻違反了起初林奈對於人種的定義。
1760年以後，林奈的身體漸感不適，他逐漸退出生物學研究，轉而個別指導學生。每年暑假他持續邀請學生，前往他在哈馬比（Hammarby）的鄉間小屋，能與林奈同住，一起討論，是學生最珍惜的機會。林奈在1774年生病，逝於1778年，他在晚年時寫道：「在人生的末了，上帝帶我來此。我站在小山上，靜靜凝視著遠處潮浪，傾聽著浪花低訴，此外一片平靜。」
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